在清代台湾，幕友的活动始于清军入台。当时，施琅幕中有个很得力的幕友叫周澎，乾隆《泉州府志》记：“周澎，字文涛，晋江人。博学，工古文、诗赋，靖海将军施琅延之幕中，刻不能离，翰墨皆出其手。”督、抚以下，清代台湾各级长官也辟置幕府。据《清实录》，道光十三年(1823年)有谕:“此次台匪滋事，嘉义县丞方振声，台湾镇标千总马步衢、把总陈玉威并家属、幕友等同时遇难，激烈捐躯。览奏坠泪，可嘉可悯之至。”县丞、千总、把总分别属于正八品文职官、正八品武职官、正九品武职官。八、九品官也有幕友，可证清代台湾辟置幕府的风气之盛。时至光绪年间，福建巡抚、福建台湾巡抚乃至闽浙总督延请或留用幕友到台，仍然循例向朝廷申报。例如，光绪三年(1877年)，福建巡抚丁日昌奏：“此次渡台，幕友需才，请将翰林院庶吉士钟德祥留台助”；光绪十二年(1886年)，福建台湾巡抚刘铭传奏:“请调补用直隶州知州何嗣焜办理文案”；光绪二十一年 (1895年)，闽浙总督谭锺麟奏:“请将刑部主事俞明震、试用道赖鹤年等留于台湾差遣。”至于幕府制度在设计上的漏洞，也如雍正帝所指：幕友不必担责，随时可以“置身事外”。光绪二十一年(1895年)的唐景崧幕可以是一个例证。据思痛子《台海思恸录》(收《近代史资料》1983年第1辑)，唐景崧“宏开幕府，广集英才”，其幕中诸幕友深度参与拥立唐景崧为“总统”的全部事务，事败则个个脱身而走，完全“置身事外”，不必担责也。幕府制度在台湾，乃是一个值得深入研究的问题。